Emiliana de Zubeldía nació en Salinas de Oro, Navarra, España. Fue hija de Asunción Inda y León Antonio Zubeldía. Era hermana de Martín Zubeldía, el fraile capuchino conocido como Gumersindo de Estella. Emiliana dio su primer recital a los cinco años de edad, interpretando una pieza compuesta por su hermano. Comenzó sus estudios musicales en Pamplona y en el año de 1904 los continuó en el conservatorio de Madrid. En 1906 culminaría sus estudios en España como estudiante sobresaliente. Eso la preparó para ir a estudiar a la Schola Cantorum en París, donde estudió composición con Vincent d'Indy y piano con Blanche Selva, sin necesidad de hacer examen de admisión.